Στην πραγματικότητα, ένα μέρος του νερού από τις λίμνες διηθείται στο έδαφος, το οποίο συχνά περνά απαρατήρητο λόγω της ταχείας αντιστάθμισης των απωλειών, ιδίως κατά τη διάρκεια των βροχοπτώσεων. Το υλικό του πυθμένα του υδάτινου σώματος έχει επίσης σημασία. Εάν ο πυθμένας είναι πετρώδης και τα κενά μεταξύ των λίθων είναι ελάχιστα, το νερό δεν θα μπορέσει να περάσει στο έδαφος σε μεγάλες ποσότητες.
Επιπλέον, στη λίμνη συσσωρεύονται ιζήματα όπως άμμος, ιλύς και άργιλος. Η υδρολόγος Joan Wu, η οποία μελετά τη δομή και την ανάπτυξη των υδάτινων σωμάτων στο Πανεπιστήμιο της Ουάσινγκτον, σημειώνει ότι με την πάροδο του χρόνου τα χαρακτηριστικά του πυθμένα αλλάζουν και τα λεπτά σωματίδια γεμίζουν μεγάλους πόρους και κοιλότητες καθώς καθιζάνουν.